“5531”工程是针对治理长江流域的5大城市、5条支流、3个重点湖泊的水污染及“白色污染”而拟定的保护措施。主要内容是：

加强干流上海、南京、武汉、重庆、攀枝花5大城市江段近岸水域的水污染治理。加强工业污染源控制，并积极推进节水防污型城市建设。

加强黄浦江、汉江、湘江、嘉陵江和岷（沱）江等影响突出的5条主要支流的综合治理。控制上游的水土流失，加强对农业污染源的控制。

根据太湖、巢湖、滇池水环境承载能力，2010年以前采取综合措施，削减入湖污染物，有效遏制富营养化的发展。

治理“白色污染”。加快沿江重点城市垃圾处置设施建设，禁止在长江岸边设置垃圾和工业固体废物堆放场点，现有的应限期治理。