为贯彻执行水利部办公厅《关于进一步加强重大水污染事件报告工作的通知》（办资源[2005]235号）等文件要求及水利部领导就应对突发性水污染事件的指示精神,水保局于2006年2月20日起实施了重大水污染事件报告24小时值班制度，并与流域内十九个省市水行政主管部门间建立了突发水污染事件应急联络与信息通报制度。
水保局依托长江流域水环境监测网，进一步加强了流域突发水污染事件的水质信息通报、应急监测的协作体系，基本形成了流域水环境监测网成员单位在应急监测上的合作机制。
为全面及时地了解掌握突发水污染事件的基本情况和发展趋势，进一步做好突发水污染事件统计分析和预防工作，水保局按照水利部《关于建立突发性水污染事件月报制度的通知》（资源保函〔2006〕50号）的要求，建立了突发性水污染事件月报制度，从2006年7月开始，定期向水利部水资源管理司上报长江流域的突发水污染事件。
水保局还组织调研组到丹江口市对中线水源区水资源保护工作及管理情况进行实地调研，与各市县政府及南水北调办、水利（水务）局、环保局、林业局等相关人员进行了座谈，就推进水源区水功能区管理与水资源保护和水污染防治协作机制、流域与区域水资源管理相结合体系建设以及跨部门协作防污机制建设、促进丹江口水库及其上游水环境监测信息交流与重大水污染事件会商制度的建立等工作进行探讨。
以长江干流沿岸重化工企业重大危险污染源调查及其相关水污染事故隐患调查为契机，与沿江部分省、直辖市水利厅共同对长江干流沿岸重要危险源进行了核查，进一步加强了流域管理机构与地方水行政主管部门在突发水污染事件应对上的合作。至此，突发性水污染事件应急机制建设以及长江干流沿岸重大污染危险源的调查等相关基础性工作全面推开。
此外，根据水利部“关于调查突发性水污染事件应急机制建立和预案编制工作情况的函”，八月份水保局对流域内十九个省市突发水污染事件应急机制建立及预案制定的有关情况进行了调查统计。调查显示，流域内各省、直辖市、自治区对于突发水污染事件应急机制建立与应急预案编制工作都十分重视。四川、江苏、甘肃、陕西等部分省、市、自治区已相继出台了重大水污染应急预案，成立了应对突发水污染事件的组织机构，建立了相应的机制。
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