按照三峡工程进度安排，2003年6月1日，三峡水库将开始蓄水， 6月15日水库将蓄水至135m。为掌握三峡水库蓄水前后库区生态环境质量的变化状况，为三峡水库水质保护管理服务，三建委办公室水库管理司委托长江流域水环境监测中心,开展三峡水库蓄水前后水库水环境质量变化状况及放射性等本底调查研究工作。该工作分水库蓄水前、蓄水过程中和蓄水完成后三个阶段进行，第一阶段主要是对库区水体本底状况进行补充调查监测，第二阶段主要是了解掌握蓄水中对水库水质可能引起的变化；第三阶段工作主要是了解蓄水稳定初期水库水质状况，工作内容包括水质、底质、水生生物、放射性等多方面。

目前，第一阶段工作已于4月底完成采样和部分项目的测试，采样工作历时12天，监测范围为长江干流三峡坝址至寸滩段，以及库区内9条流域面积大于1000km2的支流。共采集样品533   个，其中水质样品301个、水生生物样品162个、底质样品21   个、放射性样品49个，第二阶段工作正在积极筹备之中。

本次调查监测工作是三峡水库蓄水前水体本底状况最后一次系统、全面的监测。除对常规水质参数外，还针对水库形成后局部可能发生富营养化的特点，增加了氮、磷等营养盐参数及叶绿素等指标；针对农田、果园等被淹没的情况，测定了有机农药等参数；蓄水后，水库水体中泥沙含量将发生较大变化，为此测定了一些与泥沙含量关系密切的参数。如有机物、无机物及重金属等。同时，为了解水库蓄水前水生生物如浮游植物、浮游动物、底栖动物等本底状况，对干流、支流及支流上游的水生生物种类、分布与数量进行了调查监测。另外，还对干、支流本底放射性主要因子进行调查监测，以了解掌握库区放射性的本底基本状况。

长江流域水资源保护局十分重视该项调查工作，长江流域水环境监测中心组织精干力量，克服多种困难，顺利完成了第一阶段水库蓄水前的调查任务。特别是为了保证“非典”期间该项工作的正常进行，监测中心领导认真落实关于预防“非典”的有关政策精神，采取了多种措施，如用自备消毒过的专车接送工作人员、对监测船定期消毒、禁止工作人员离船上岸、向工作人员发放预防“非典”物品和药品等，既保证了工作人员的身体健康，又按计划成了任务，做到了工作、防“非典”两不误。