任何水利工程都有正面的作用和负面的效应。象南水北调这样的巨大工程，涉及广大地区，在很长时期内，对社会经济和生态环境都会产生影响。由于对客观规律和社会经济条件的制约，工程的规划设计不可能完全符合客观规律和满足各地区、各部门的要求，存在某些缺点，施工质量难以完全达到规范要求；管理运用中受各种局部利益的干涉，难以按照设计方案操作运用，这些因素都可以产生负面效益和不良后果。对可能产生的问题，既要防患于未然，要精心设计，在建设和管理过程中保证质量，尽量消除隐患；同时还要持续不断地加强研究，找出各种不可能发生的问题，提出相应的对策，将可能产生的负效应和损失降至最低限度，下面提出几个值得注意和研究的问题：1、节水、治污和生态环境保护是南水北调工程成败和能否充分发挥效益的关键所在。2、十分注意输水工程的安全运行，准备各种应急对策和抢险措施。3、南水北调工程环境用水是重要组成部分，如利用渠道退水、城市处理后的污水在非排灌季节排入天然河道以及水源丰富年份后引水量都可通过天然河道内的生态系统，湿地环境和部分河道输沙用水等都是南水北调的重要目标。4、在建设南水北调主体工程的同时，要及时安排配套工程的实施，要特别重视城市供水从开采地下水为主向以引用地表水为主的转变，安排相应的配套整改工程和城市地下水管理办法，这是减少地下水超采的关键措施。5、必须形成整改南水北调系统的统一调度、协调的管理机制，建立分级、分部门责权明确、运作方便、指挥灵敏和有效监督的管理机构和操价规则。