对丹江口水库而言，由于整个水库是南水北调中线工程的水源地，其水质好坏直接关系到我国北方地区未来经济社会的可持续发展，应将丹江口水库作为饮用水源地，按饮用水源保护区的要求进行重点保护。

4.2. 加快干流五大城市和污染严重的五条支流主要城市水污染治理

长江干流沿岸城市污水排放量约占全流域排放总量的50%左右。攀枝花、重庆、武汉、南京、上海等五个城市是长江干流的主要城市，2000年，五城市工业（不包含火电冷却水）和生活用水量约80亿吨，占长江干流总用水量的65%以上，排污量为1260万吨/日，46亿吨/年，占干流城市的70%以上。各城市污水处理率较低，平均处理率不足20%；处理深度不够，二级处理规模仅约100万吨/日。绝大多数污水经由约180个排污口直接入江，而这些排污口80%以上未达到排放标准，在城市近岸水域形成的约400公里的污染带，占干流污染带的近2/3。黄浦江、汉江、湘江、嘉陵江、沱江等支流是长江干流水质影响显著的主要支流。五支流进入干流的污染物约占所有支流的55%以上。应加大治理力度。

4.2.1. 加大城市污水处理设施建设力度，提高污水处理水平

应根据国家要求，提高城市污水处理水平，到2010年，主要城市污水处理率应不低于70%，其他城市污水处理率应不低于60%。在污水处理设施建设过程中应注意管网的配套建设，实施清污分流，提高设施利用效率。在城市内湖、河流治理中应协调好干支流的关系，避免将本地区污染向长江转移。

4.2.2. 加强工业污染控制，做到增产减污或增产不增污

各城市应加大产业结构调整力度，发展污染较轻的产业。现有企业应通过技术改造、改革生产工艺、资源综合利用、节水等措施，逐步采用清洁生产工艺和技术，提高工业用水重复利用水平，减少污染物排放量。各城市应继续加大工业废水处理力度，做到工业废水全面达标排放。各级水利、环境保护等行政主管部门应加强取水许可管理和建设项目环境保护管理，从严控制新、扩建项目污染物排放。

4.2.3. 实施排污口整治工程

目前沿江城市有些取、排水口布局不尽合理，影响取水水质。应根据水功能区要求，结合污水处理设施和堤防建设，对城市现有取、排水口进行优化调整并实施整治。

4.2.4. 积极推进节水型城市建设

各城市应改革水价政策，逐步建立激励节约用水的水价机制；应加大建设项目节约用水管理力度，促进产业结构调整；加大有关节水技术政策和技术标准的贯彻执行力度，推广应用节水型技术。

另外，应重点控制嘉陵江、沱江、汉江及湘江等支流上游的水土流失，以减少入河泥沙量，同时减少随地表径流进入河流的污染物量。

4.3. 进一步加大“三湖”富营养化治理力度

太湖、巢湖和滇池富营养化十分严重。太湖和巢湖的部分水域，滇池全湖已丧失水环境承载能力，其治理恢复将是一个长期的过程。

4.3.1. 加强面源污染控制

太湖流域要完成水土流失整治面积1180平方公里，巢湖流域要完成水土流失整治面积650平方公里，滇池流域要完成水土流失整治面积300平方公里。

“三湖”湖周5公里范围内禁止使用化肥和农药，在湖周其他地区引导农民科学施肥用药，减少化肥和农药施用量。建设生态农业示范区，以及无公害农产品和绿色食品基地。

4.3.2. 加快点源治理，削减入湖污染负荷

2005年前，太湖流域城镇生活污水处理率达到70%以上；巢湖流域的合肥市生活污水处理率达到70%以上，其它城市达到60%以上；滇池流域城镇污水处理率达到60%以上。同时，上述地区所有工业企业应全面达标排放，坚决关停并转一批污染严重的企业，推行清洁生产，切实加强对新建项目的环境保护管理。

4.3.3. 治理内源污染

对水质严重恶化的湖区和入湖河流，实施底泥疏浚工程，如对太湖流域的五里湖、梅梁湖、贡湖、竺山湖、东太湖等进行生态清淤；实施巢湖底泥疏挖，肥东店埠河、小南河、二十埠河和肥西派河等湖区综合整治工程；对滇池草海和外海污染严重区进行清淤疏浚。