1999年对长江流域已开展监测的总评价河长达31106公里的河流进行评价，其中Ⅰ类水河长1571公里，占6.6%；Ⅱ类水河长12134公里，占39.5%；Ⅲ类水河长10738公里，占33.1%；Ⅳ类水河长2889公里，占9.0%；Ⅴ类水河长1588公里，占5.1%；劣于Ⅴ类水河长2186公里，占6.7%。劣于Ⅲ类水河长占总评价河长的20.8%。2000年超Ⅲ类水河长则增加到了26%，比上年度增加了约5%。湖泊水质没有明显好转，1999年评价的10个重点湖泊中，其中达Ⅲ类或优于Ⅲ类水的湖泊仅4个，其它6个湖泊水质都劣于Ⅳ类。“九·五”期间重点治理的“三湖”中滇池、巢湖水质好转不明显，其中滇池为超Ⅴ类，巢湖为Ⅴ类。2000年评价结果未出现大的变化。

对应功能区进行分析，目前，长江流域绝大部分保护区和保留区水质较好，一般可达到Ⅱ～Ⅲ类，超Ⅲ类水质主要出现在一些开发利用区中，部分二级功能区水质不能满足功能要求，主要集中在干流城市江段、流经城市的中小支流以及城市内湖。长江干流城市岸边污染带近600公里，沱江、嘉陵江、湘江、汉江、黄浦江等支流污染较严重。

对流域内已开展监测的35个省界断面（主要在缓冲区内）2000年与1999年的监测结果进行分析，2000年超过地面水环境质量标准Ⅲ类标准的断面百分率为35%～51%，1999年为31%～46%（4个季度值），呈上升势态。其主要超标项目为总磷，非离子氨和高锰酸盐指数。

1.3. 流域水污染特点

1.3.1. 整体水质尚好，局部污染严重

流域水质总体特征为干流及较大支流总体水质尚好，支流劣于干流，岸边劣于中泓，城市江段劣于非城市江段，干流近岸水域存在明显岸边污染带；流域内湖泊富营养化趋势明显，有些已非常严重。

1.3.2. 水污染严重区常又是用水集中区，水污染已严重影响到生活、生产、生态用水安全

水污染程度与开发利用程度基本一致，因而水污染严重区常又是用水集中区，如长江干流城市江段取水、排污都主要集中在岸边，水污染已对饮用水源水质安全构成严重威胁，一些沿江城市已难以找到符合饮用水源卫生标准的水源地，呈现质量性缺水危机，不少城市被迫采用江心取水办法以改善饮用水质量。据初步统计，目前长江干流沿岸数百个取水口，都已不同程度地受到岸边污染带的影响。

1.3.3. 河流局部污染与点源排放关系较大，湖泊污染是各种因素综合的结果

干流城市岸边水域、受污染支流主要是由工业排污、城市生活污水排放造成的。而湖泊除点源外，农业排水、水土流失则占了较大的比重，剧统计分析，巢湖氮磷70%以上来源于面源，太湖、巢湖、滇池等“三湖”中，其长期积累的底泥成为了不容忽视的内污染源，对湖体水质的影响非常显著。

1.3.4. 流域治理开发对水质的要求日益增高

三峡工程的兴建、南水北调工程的实施、西部大开发等流域社会经济发展对水资源保护的要求越来越高，三峡水质保护是世界关注的焦点，中央对丹江口水库水质保护的要求是“保持一库清水”。同时随着人民群众生活水平的提高，对水质的要求也越来越高。

2. 长江水资源保护宏观思路

每一个水体的不同区域因水流、河床、上游污染物质来量等条件不同，有着不同的水环境承载能力，同一个水体在不同的水文情势下其水环境承载能力也不一样。根据水环境承载能力合理确定区域产业结构、加强排污控制是水资源保护的根本指导方针。

水功能区划从水的资源属性出发，根据流域或区域的资源条件、环境状况等自然属性和水资源开发利用状况、社会经济发展对水资源的需求等社会属性按流域实行两级区划体系，不仅协调行政区间的用水，同时还协调不同部门之间的用水；其不仅考虑当前用水需要，而且还考虑未来的用水需要。水功能区划将水资源保护和管理的目标分解到功能区单元，根据每个功能区的纳污能力和污染排放现状，结合考虑工农业发展、生活用水和生态用水需要，既照顾社会经济产业布局的现状，更要指导产业结构的调整和产业发展的布局，据此确定的不同功能区的水环境承载能力，体现了流域社会经济发展、生态环境需要和水资源开发利用、保护的统一，水功能区划是有效、合理利用水环境承载能力的科学区划体系。