已建成的三峡工程生态与环境监测系统是目前国内唯一的跨地区、跨部门、跨学科、综合性的生态环境监测网络。这个监测系统从监测内容、范围和规模上均超过阿斯旺、伊泰普等国外大型水利水电工程。

    三峡工程的几个焦点问题逐步得到解决

    （一）对水生生物的影响不大

    三峡工程影响区有6种国家珍稀濒危水生生物。它们是：白鳍豚、白鲟、中华鲟、长江鲟、江豚和胭脂鱼。近年来，三峡建委组织农业部和中国科学院对影响区的水生生物进行了严密的监测。白鳍豚与三峡工程的关系不大，目前已到灭绝的边缘。

    三峡工程不存在影响中华鲟洄游通道的问题。早在1981年1月葛洲坝枢纽工程实现大江截流后，就阻断了中华鲟自长江口进入金沙江的洄游通道。为了保护中华鲟，国家明令禁止商业性捕捞，并在宜昌建立了中华鲟人工繁殖研究所。自1984年至2005年，共向长江放流幼体中华鲟已近455万尾。20年来，中国长江三峡工程开发总公司和所属的原葛洲坝水力发电厂，对中华鲟研究所建所和中华鲟保护历年的专项基础建设、科研设施和科研经费的总投入达3700多万元。

    （二）不会造成陆生植物物种灭绝

    三峡库区蓄水后，外界广泛关注的珍稀植物荷叶铁线蕨、疏花水柏枝，已经采取了妥当的保护措施。有关部门已经在重庆市万州区建立了荷叶铁线蕨物种保护点，禁止采挖，并采用分枝或孢子繁殖技术，对荷叶铁线蕨进行人工栽培。疏花水柏枝保护点选在秭归县，保护点内禁止采挖，并研究采用多种繁殖手段扩大种源数量。经过中科院武汉植物研究所等单位的研究，疏花水柏枝和荷叶铁线蕨的人工繁殖栽培和植物园内迁地保育均已获得成功。

    （三）长江上游水质没有明显变化

    从上个世纪70年代起，长江水资源保护局就开始着手研究三峡工程对生态和环境的影响。 为了保证未来的三峡库区是一库清水，国家对于影响三峡库区水环境的因素高度重视，相关部门已采取了兴建污水处理场、垃圾填埋场、关停并转了一批污染企业等具体措施。但农田和城市径流引起的面源污染不可小视。

    2001年11月，国务院批准了国家环保总局组织编制的《三峡库区及其上游水污染防治规划》，三峡库区及其上游的经济建设活动必须符合《规划》的要求。三峡库区在2003年二期蓄水以前，已经完成了135米水位以下库底垃圾清理任务，完成了库区污水处理厂和垃圾处理厂建设，正式投入运行。

    三峡工程蓄水二年来，三峡水库水质总体良好，以Ⅲ类水质为主。

    （四）库区蓄水不会诱发地质灾害

    我国专家从上个世纪50年代开始，就对三峡库区地质和水库诱发地震的问题进行了全面和深入的探讨，取得的科研成果居世界一流水平。

    三峡坝区属于地壳相对稳定的地区，远离地震活跃的板块边缘。三峡工程是按照7度地震标准设计，8度地震标准设防，即使发生地震也不会影响到大坝的安全，不会影响三峡水利枢纽的正常运行。2001年，中国地震局地震研究所已建立了三峡地震监测系统，还制订了三峡库区破坏性地震应急预案。

    滑坡是长江上游分布较为普遍的地质现象，水库蓄水和库水位变动，有可能导致库岸失稳。对此，专家进行了大规模的勘测、调查和研究工作。截止目前，三峡库区原有的一些大的崩滑体大都已经处理。

    鉴于三峡工程施工进度比原计划提前，库区195个紧急地质灾害治理项目于2005年4月中旬全面启动。

    （五）“蓄清排浑”解决库区泥沙问题

    从上个世纪50年代开始，我国专家就开始了针对三峡工程泥沙问题的专题研究。专家们总结出用“蓄清排浑”的科学方法来解决水库的泥沙问题，就是通过对水库的合理调度，尽可能地把大量的沙排放出去，等到每年11月份枯水期后，泥沙量也减少了，再把清水蓄在水库里。科学试验证明，三峡水库采取“蓄清排浑”的方法，运行100年后，水库防洪库容还会保留86％。所以，泥沙对三峡工程的防洪发电影响不大。