水是基础性的自然资源和战略性的经济资源。随着我国社会经济的迅速发展和人们生活水平的不断提高，污（废）水排放量急剧增加，江河湖库水资源质量不断恶化，水污染事故和行政边界水污染纠纷频频发生。水污染主要表现为：一是从局部河湖向全河湖发展；二是城市周围水环境污染严重，并不断向农村蔓延；三是地下水污染由点发展到面，由浅层水向深层水发展；四是季节性突发水污染事故逐年上升，南方多水地区出现水质型缺水；五是一些湖泊富营养化严重，并呈发展趋势。

    在当前的水资源保护及管理中，由于没有明确各江河湖库水域功能，造成供水与排水布局不尽合理；开发利用与保护的关系不协调；水域保护目标不明确；水资源保护管理的依据不充分；地区间、行业间用水矛盾难以解决等问题。如何有效保护水资源和控制水污染，实现对水资源的综合管理，是一个始终在探索并迫切需要解决的问题。

     长江流域水资源保护局成立于1976年，是水利部、国家环保总局双重领导的流域水资源保护机构，也是长江水利委员会主管水资源保护工作的单列职能机构。下设长江水资源保护科研所和长江流域水环境监测中心，在上海市和湖北省丹江口市还设有长江流域水资源保护局上海局、丹江口局。主要负责长江流域水资源保护管理工作，组织水功能区的划分和向饮用水水源保护区等水域排污的控制；审定水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责组织省（自治区、直辖市）界水体、重要水域和直管江河湖库及跨流域调水的水质监测工作，编制流域水资源保护规划、组织开展水资源保护科研等。

      多年来，长江流域水资源保护局在对国内外研究成果进行充分调研和深入分析的基础上，针对我国水资源质量不断下降和水生态系统不断退化的实际情况，总结水资源保护与管理的经验，切实开展了水功能区划和水资源保护规划技术研究工作，提出了水功能区划二级11类分级分类体系，解决了取用水矛盾，产生的环境、经济和社会效益显著。(1) 确定了水功能区划原则，系统地研究了水功能区划技术路线，开创性的提出了二级区划体系，解决了地区间、部门间、水资源保护与开发利用等矛盾；(2) 区划体系符合国情，操作简单，实用可行；(3) 将研究的理论方法和应用技术成果推广应用于我国地（市）级、省（市）级、流域级及全国水资源保护规划和管理之中，解决了一系列关键性技术问题。

      目前，我局与水利部水利水电规划设计总院、河海大学共同完成的《水功能区划与水资源保护理论技术及应用》已获得2004年度国家科技进步二等奖。