徐冠华表示，在实施《科学技术进步法》的过程中，取得的成绩是有目共睹的，但同时也存在一些问题，综合起来主要体现在五个方面。
首先是仍然存在认识不到位、贯彻不得力的问题。个别地方和部门对《科学技术进步法》的重要地位和作用认识不够。同时，也有一些地方和部门对市场经济体制下科技发展的新特点、新规律研究不深入，缺乏新形势下贯彻《科学技术进步法》的有效措施。
其次是科技投入机制仍需健全。近年来中央财政科技投入虽然有了较大幅度增长，但占中央财政支出的比例仍然处在历史偏低水平，地方财政科技投入更是出现了较大幅度下滑。国家应尽快建立与国民经济和社会发展相适应的财政科技投入稳定增长机制、引导全社会科技投入的有效调控机制和与科技发展规律相适应的科技投入管理机制。
再次是科技体制中仍然存在薄弱环节。一是企业的技术创新主体地位尚未完全确立。二是公益性科研力量薄弱，投入严重不足，改革前人均事业费不到2万元，改革后按非营利机构运行和管理的也只增加到4万元。三是科技中介服务体系仍不健全，服务功能有待于进一步提高。
然后是科技工作的宏观协调机制不健全。有关部门、各地方之间在创新活动组织中彼此分割、相互脱节，重复浪费现象相当突出。科研仪器设备一方面严重不足，另一方面大量重复购置。以中分辨率多光谱扫描仪MODIS接收系统为例，全套引进需要100万美元左右，国产设备也要180万元人民币左右。全美国只有16套，俄罗斯有8套，日本有4套，大部分欧洲国家只有1套，由于实现了共享，完全满足了科研和生产需要。而我国却已建成了17套，仅北京地区就有8套；由于未能实现共享，一些科研单位还计划再进口80套。
最后是配套法规建设须进一步加强。《科学技术进步法》是我国科技方面的基本法律，需要制定具体的配套法规、规章加以落实。目前，研究开发机构、科技人员、高新技术产业开发区、技术市场等方面配套法律、法规还没有出台，《科学技术进步法》规定的相关原则和制度得不到具体落实。
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