成功从长江走向全国之后，实行水功能区划迅速被上升到国家法律的高度，成为一条制度规定。2002年颁布实施的新水法，在水资源保护这一章节，专门增加了一条规定，确立了江河、湖泊的水功能区划制度，而长江流域水资源保护局提出的水功能区划体系成果是这一制度的技术支撑。

相关链接：

《水法》第三十二条

    国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门、有关部门和有关省、自治区、直辖市人民政府，按照流域综合规划、水资源保护规划和经济社会发展要求，拟定国家确定的重要江河、湖泊的水功能区划，报国务院批准。跨省、自治区、直辖市的其他江河、湖泊的水功能区划，由有关流域管理机构会同江河、湖泊所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门、环境保护行政主管部门和其他有关部门拟定，分别经有关省、自治区、直辖市人民政府审查提出意见后，由国务院水行政主管部门会同国务院环境保护行政主管部门审核，报国务院或者其授权的部门批准。（节略）