水脏，也就是治污问题。提起水脏，吴院士的记忆回到上个世纪80年代，那时他去葛洲坝，长江非常清澈。可是现在，长江已经十分浑浊，他风趣地说：“长江都可以叫‘黄江’了。”我国的水污染非常严重，也相当普遍。近几年来，国家也一直在进行大规模的治理：滇池、太湖、淮河等等，这些河湖在治理时都花费了相当大的代价。如何解决污水治理问题呢？吴院士说，一是水资源实现流域统一管理，把工程措施与非工程措施结合起来；二是科技治污，降低治理成本，提高治理水平。

    谈到此处，吴院士又做了个小结：“‘水多’‘水少’‘水脏’这三个问题是一体化的，我们应当用系统工程的观点来看待它，尊重水的自然属性，按照流域来统一管理水资源，使全流域水资源产生的效益最大。”