水利开发项目在生物多样性评价中存在的问题主要有：（1）在中小河流水利开发项目环评中对河流鱼类等水生生物本底调查不够，导致在项目环评中对该河流的水生生态系统和物种不清楚，评价深度不够。（2）在中小河流水利开发项目环评中对河流鱼类等水生生物的评价范围均局限于项目区，以至对常见物种资源受影响的程度均认为不重要，导致物种分布范围日益缩小，物种濒危化程度加重。

         水利开发项目在生物多样性保护措施方面存在的问题主要有：（1）由于河流水利开发使鱼类产卵场受到破坏，在保护措施中主要采取增殖措施，而建立鱼类增殖站仅能对少数鱼类进行增殖，对生物多样性的保护有限。（2）对受河流筑坝阻隔影响的洄游性鱼类和水生动物没有好的措施，建立鱼道等措施仅适应于少数鱼类，且效果也不太理想。

         3、关于在长江流域开展生物多样性保护工作的一些建议

         如何在长江流域开展生物多样性保护，使流域开发与环境保护协调发展，达到在开发中保护和保护中开发的目的，是我们今后需要面对的课题。结合我们在流域开发项目环评中发现的问题，我们建议：

         （1）生物多样性保护应贯穿于水利开发的规划、设计、施工、验收全过程，以防止生物多样性在源头受到影响。

         （2）从整个长江流域的生态系统完整性出发，通过本底调查，确定全流域具有重要生态功能和生物多样性的区域，并把其划定为一类禁止开发的河段或区域。对受河流开发影响较大，而分布区在缩小物种，对其分布河段或区域划定为二类区，限制开发。开展该项工作有利于水利开发项目的生物多样性保护和管理。

         （3）建立长江流域生物多样性保护机构，研究生物多样性保护补偿机制，便于生物多样性保护区域与项目开发区域的协调。